臺南市的花卉拍賣市場是透過農會獨立經營，而非花農花商個人民有經營，呈現公共同有的氛圍，其營運狀況極佳，相當利便。
臺南花卉拍賣市場屬於「切花」交易，就位在怡安路的綜合農產品批發市場內，是臺南市農會奉農委會核定，於民國83年(1994)增設花卉拍賣市場，是全國首座低溫拍賣館，為花卉的產與銷提供平台，「服務產銷，公平交易」讓種花的花農有銷售的管道，且亟欲購買花卉的批發商則能藉由拍賣，公開透明化，購買到價錢公道且品質保證的花卉，互惠雙方。
經中央與前農林廳輔導於民國84年(1995)元月26日改採用電腦拍賣；民國79年(1990)時啟用花卉分貨場，約400坪，但因為交易量日漸增加，場地侷促，所以為了配合政府政策，因此於民國93年(2004)12月10日開工，著手興建新分貨場，隔年竣工啟用。早期臺南的花卉批發商多集中在北成路與北安路交會處(北安橋南邊旁)進行買賣，所以新分貨場預留格位，計畫輔導北成路花卉批發商進駐，讓市場營運更為集中。
在臺南花卉拍賣市場現場，每到下午拍賣之前，大型貨車載運各地花卉前來，由市場工作人員進行理貨，包括點件、簽收、查驗花卉品質並編排拍賣序號，輸入資料、貼上標籤貼紙，再核對資料。
拍賣時，依照花卉種類，區分為3線軌道：第一線：菊花、草本植物；第二線：玫瑰花、滿天星、康乃馨；第三線：百合、劍蘭、進口石斛蘭。由承銷人透過電腦標購花卉，得標後再裝車運送，再轉賣為零售。
依臺南花卉拍賣市場的花卉而言，販售之花卉種類齊全、花材新鮮、價格合理。花卉市場之功能，在於一方面能調節花卉供需，一方面保障花農所得，所以臺南市政府持續致力於輔導臺南花卉批發市場的拍賣及批發業務，期盼提升市場營運品質，促進業務發展，更上一層樓的成為南部花卉物流中心。